De geschiedenis van MRI begint in het jaar 1946 met de ontdekking van het fenomeen van magnetische resonantie. Dit gebeurde dor de wetenschappers Felix Bloch en Edward Purcell.. Beide wetenschappers zouden in 1952 een Nobelprijs krijgen voor hun ontdekkingen. Van 1954 tot het begin van de jaren 1970 werd MRI ontwikkeld en gebruikt voor chemisch en fysisch onderzoek van moleculaire structuren. In 1971 toonde Raymond Damadian aan dat de resonantie van tumoraal weefsel verschillend was dan dat van gezond weefsel, dit werd de motivatie om deze onderzoeksmethode te gebruiken om ziekten op te sporen. In 1973 werd de CT geïntroduceerd door Houndsfield, dit is voor de MRI belangrijk om dat deze evolutie aantoonde dat ziekenhuizen bereid waren om grote bedragen uit te geven o meen degelijk onderzoeksmethode in huis te halen. In dat zelfde jaar werd de beeldvorming door magnetische resonantie werd gedemonstreerd op kleine test tubes, door Paul Lauterbur. Hij gebruikte daarvoor dezelfde berekeningstechniek als die gebruikt in de CT-scan. In 1975 lanceerde Richard Ernst het idee om gebruik te maken van fasen en frequentie verschillen, en het gebruik van Fourier transformatie, een techniek die de huidige MRI nog gebruikt. Weer een paar jaar later in 1977 werd de eerste scan gemaakt van een lichaam, door Raymond Damadian. Nog datzelfde jaar wer door Peter Mansfield de echo-planaire beeldvorming voorgesteld.
Het team van Edelstein demonstreerde een scan van het lichaam waarbij het vijf minuten duurde voor een beeld te maken, ditbeeldvorming gebeuren op 5 seconden zonder noemenswaardige kwaliteitsverlies. Verder werd er ook in andere domeinen gewerkt aan de magnetische resonantie, zodat in 1986 een microscoop werd ontwikkeld met een resolutie van ongeveer 10 µm.
In 1987 werd de echo-planaire methode gebruikt om de eerste toepassing te maken van cardio-MRI, en werd ook de MR-Angio verder op punt gesteld zodat het mogelijk werd om beelden te verkrijgen van de bloedbanen zonder gebruik te maken van contrastmedia.
Nu nog wordt er volop aan nieuwe technieken en toepassingen voor de MRI gewerkt. Het is nog een jonge techniek waarvan de toepassingen nog niet volledig van gekend zijn